Производство органической продукции регулируется стандартами, определяющими разрешённые и запрещённые вещества и методы. Национальные органические стандарты в разных странах различаются, что создаёт сложности при экспорте: сертификат одной страны может не признаваться в другой. Международная гармонизация стандартов — длительный процесс, продвигающийся медленно.
Запрещены в органическом производстве: синтетические пестициды и минеральные удобрения с синтетическими веществами (за исключением отдельных разрешённых соединений), ГМО и продукты генной инженерии, регуляторы роста, ионизирующее облучение при обработке готовой продукции, антибиотики и гормоны роста в животноводстве. Разрешены: препараты меди и серы, природные минералы (известь, доломит, горный калий), биопестициды, навоз и компост при соблюдении требований к содержанию тяжёлых металлов.
Документирование в органическом производстве — отдельная система труда. Каждое поле, каждая партия продукции, каждое применяемое вещество должны быть задокументированы с датой, количеством и обоснованием. Инспектор сертификационного органа проверяет документы наравне с полями и складами. Неполная документация — основание для отказа в сертификации даже при соблюдении всех агрономических требований.
