Почва — не просто субстрат для выращивания растений, а сложная живая система, плодородие которой формировалось тысячелетиями. Современное интенсивное земледелие потребляет это унаследованное плодородие значительно быстрее, чем оно восстанавливается естественным путём. Долгосрочные стратегии поддержания плодородия — инвестиция в устойчивость хозяйства.
Гумусовый баланс — ключевой показатель для долгосрочного мониторинга. При интенсивном зерновом производстве без внесения органики ежегодные потери гумуса составляют 0,02-0,05% абсолютных. За 20 лет хозяйство теряет 0,4-1% гумуса — снижение, сопровождающееся ухудшением структуры и падением буферной ёмкости почвы. Внесение 10-12 т/га компоста или соломы в сочетании с сидератами балансирует эти потери.
Биологическое разнообразие в почве — интегральный показатель её здоровья. Методы ДНК-метагеномики позволяют оценить разнообразие бактериальных и грибных сообществ по образцу почвы. Эти данные коррелируют с устойчивостью к болезням, скоростью разложения органики и эффективностью питания растений. Практические выводы из метагеномного анализа пока ограничены, однако технология быстро развивается и становится доступнее.