Зерновое сорго устойчивее большинства зерновых культур к засухе, но подвержено специфическим болезням, серьёзно снижающим урожай при отсутствии защиты. Головнёвые болезни, антракноз, серая пятнистость листьев и корневые гнили — основной круг проблем, с которыми сталкивается агроном.
Головнёвые болезни — покрытая и пыльная головня — наиболее вредоносны при высоком инфекционном фоне в почве. Споры головни сохраняются в почве и на семенах. Протравливание семян фунгицидами на основе тебуконазола или ципроконазола — надёжный и экономичный метод защиты, обеспечивающий подавление заражения на 90-95%. Устойчивые к головне гибриды — дополнительная мера защиты при высоком давлении болезни.
Антракноз сорго в условиях влажного и тёплого лета способен уничтожить значительную часть листового аппарата и поразить стебли. Устойчивые к антракнозу гибриды — приоритетный выбор для зон с нестабильным увлажнением. При эпифитотийном развитии болезни листовые обработки фунгицидами на основе азоксистробина снижают потери, однако экономическая эффективность зависит от фазы культуры в момент обработки.